Sebagai bahan kimia, pembasmi kuman memerlukan perhatian khusus di lokasi penyimpanannya. Secara amnya, pembasmi kuman hendaklah disimpan di tempat yang-berventilasi, kering, jauh daripada cahaya matahari langsung dan akses kanak-kanak, seperti tempat yang sejuk dan kering seperti bilik simpanan, kabinet atau kotak. Tambahan pula, mereka harus dijauhkan daripada makanan dan minuman untuk mengelakkan tertelan atau penyalahgunaan secara tidak sengaja. Jika bahan pembasmi kuman adalah cecair, ia hendaklah disimpan dalam bekas bertutup untuk mengelakkan kebocoran. Semasa menyimpan, ia hendaklah diasingkan daripada bahan kimia lain untuk mengelakkan kemalangan.
